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[직무내용]
1. Clinical NGS 분석 파이프라인 개발

 - NGS pnael, Diagnotic genome, Oncology testing, Prenatal testing 등

2. 유전제 데이터 분석 알고리즘 개발

 - Somatic, Germline, Microbiome 데이터 분석 및 해석 (AI 활용 포함)

[자격요건]
1. 학력 : 대학원(석사)이상 (2개월 이내 근무 가능자)
2. 생명정보학 전공자
3. 프로그래밍 가능자(Python, Perl, R 등)

4. Germline/Somatic/Cell-free DNA NGS 데이터를 이용한 유전체 분석 경험(Transcriptome 제외)

[채용 홈페이지]

recruit.greencross.com/

[R] 국민건강영양조사 분석 Start

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국민건강영양조사

: 음주, 영양, 만성질환 등 500여 개 보건지표를 산출하는 국가 건강통계조사로 1998년에 도입하여 매년 1만여 명을 대상으로 실시

: 국민건강영양조사 18년도 원시자료 (v. 2020-09-01)

참여대상(row):  7,992명

변수(column): 785개

: 아래 홈페이지에서 기본DB의 SAS 다운로드

https://knhanes.cdc.go.kr/knhanes/sub03/sub03_02_02.do

1. Data loading

# 국민건강영양조사 18년도 원시자료 (v. 2020-09-01) 로딩
install.packages('data.table') ; install.packages('sas7bdat')
library(data.table)
library(sas7bdat)
sasr <- read.sas7bdat("./sas_class/hn18_all.sas7bdat")
data_sasr <- data.table(sasr)
dim(data_sasr)
[1] 7992  785

2. Data overview

# Gender (Pie chart)
mytable <- table(data_sasr$sex)
names(mytable) <- c('Man', 'Woman')
lbls <- paste(names(mytable), " : ", mytable, sep="")
pie(mytable, labels = lbls, col=c("#56B4E9", "#E69F00"), main="Pie Chart of Gender\n (with sample sizes)")

# Age (Histogram)
hist(data_sasr$age, freq=T, col="gray", xlab="Age")

3. Data filtering

# Data filtering
New_data_sasr <- data_sasr[, c('BS3_2','HE_fev1fvc', 'sex', 'age', 'HE_BMI', 'HE_COPD')]
Parsed_data_sasr <- New_data_sasr[ BS3_2 != 999 & BS3_2 != 888 & is.na(HE_fev1fvc) != T,] 
dim(Parsed_data_sasr)
[1] 644   6

#지표설명

FVC (Forced Vital Capacity; 노력성 폐활량)

-최대로 숨을 들이쉰 다음, 최대 노력으로 끝까지 내쉬었을 때 공기량

FEV1 (Forced Expiratory Volume in One second; 1초간 노력성 호기량)

-첫 1초간 얼마나 빨리 숨을 내쉴 수 있는지 보는 지표

FEV1/FVC  ratio

-기관지폐쇄 유무를 확인하는 지표

-0.7 이하인 경우 숨을 내쉬는데 장애, 즉 기도폐쇄가 있음을 의미

4. Correlation test

# Correlation test (Raw data)
cor.test(Parsed_data_sasr$BS3_2, Parsed_data_sasr$HE_fev1fvc, method='pearson')
Pearson's product-moment correlation

data:  Parsed_data_sasr$BS3_2 and Parsed_data_sasr$HE_fev1fvc
t = -2.8655, df = 642, p-value = 0.004299
alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 -0.18800432 -0.03542489
sample estimates:
      cor 
-0.112377

5. 계층화 추출법 후, correlation test

# Plotting
Temp_bin_frame <- Parsed_data_sasr[,Bin_group:= cut(BS3_2, c(-Inf, 5, 10, 15, 20, 25, 30, Inf), paste0(1:7))]
boxplot(Temp_bin_frame$HE_fev1fvc ~ Temp_bin_frame$Bin_group, outline=F, las=1, xlab='', ylab='')#, varwidth=T )
Bin_frame <- aggregate(Temp_bin_frame, by=list(Temp_bin_frame$Bin_group), mean)
plot(Bin_frame$BS3_2, Bin_frame$HE_fev1fvc, pch=19, las=1, xlab='', ylab='')

# Correlation test (After filtering)
cor.test(Bin_frame$BS3_2, Bin_frame$HE_fev1fvc, method='pearson')
Pearson's product-moment correlation

data:  Bin_frame$BS3_2 and Bin_frame$HE_fev1fvc
t = -3.3085, df = 5, p-value = 0.02127
alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 -0.9739242 -0.2006617
sample estimates:
       cor 
-0.8285219 

#Reference

1) https://www.khidi.or.kr/nutristat

2) https://github.com/seung-00/classification_obesity_risk_groups

3) https://m.blog.naver.com/PostView.nhn?blogId=i-doctor&logNo=220605517140&proxyReferer=https:%2F%2Fwww.google.com%2F

4) https://rsas.tistory.com/250

[R] 국민건강영양조사 분석 End

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폐흡충 논문 리뷰

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환자1 (아들)

■35세 남자 환자

-3주 정도 지속된 흉부 압박감과 마른 기침

■진단

-대변과 객담검사에서 충란 발견 X

-폐흡충에 대한 피내반응검사 양성

-흉부 방사선검사에서 혼탁한 좌측 흉수가 보임

→폐흡충에 의한 흉막염 진단

 

■치료

-praziquantel(프라지콴텔) 25 mg/kg로 1일 3회, 2일 복용 후 증상 완화

 

 

 

환자2 (어머니)

---

■57세 여자 환자

-심한 복통을 주소로 입원

-상복부 통증과 뱃속에 무엇인가 돌아다니고 있는 듯한 느낌

-환자는 민물게장을 함께 사는 아들(환자 1)과 여러 번 먹음

-특이 과거력은 없었음

 

■진단

-대변 충란검사 음성

-폐흡충에 대한 피내반응 검사 양성

-폐흡충에 대한 혈청 내 특이 IgG 항체가를 효소면역 측정법으로 측정한 결과 0.65 (정상범위 0.25이하)로 양성 반응

→환자에게서 폐흡충의 존재 확인

-간의 5, 6분절에 1-2 cm 길이의 저음영 부위가 관찰됨 (그림A)

-장간막과 대망의 전반적인 부종 혼탁한 복수 소견 (그림B)

→폐흡충에 의한 복막염 의심

 

■대장내시경검사 & 조직검사

-대장내시경검사에서는 항문환에서 10 cm 정도 떨어진 직장에 융기 병변이 보이는데, 침식된 미란 주변으로 충혈을 확인

-또한, 조직검사에서 점막내에 전체적으로 호산구가 특히 많은 염증 세포들의 침윤을 볼 수 있었음

→직장의 미란은 폐흡충의 이동 통로였을 가능성을 시사

#Reference

1) http://www.kjg.or.kr/journal/view.html?uid=3528&vmd=Full

폐흡충 논문 리뷰

 End

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갈색세포종 땀분비

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갈색세포종 (Pheochromocytoma)

: 갈색세포종은 주로 부신수질에서 발생하는 종양

: 부신 이외에 교감신경이 분포되어 있는 대동맥 주위와 방광 등에서 발생

: 갈색세포종의 10~30％는 가족 유전성

: 아드레날린, 노르아드레날린 등의 카테콜라민이 과다하게 생산, 분비되면 혈관이 수축하여 고혈압이 발생

: 두통, 심계항진이 생길 수 있으며, 심장발작이나 뇌졸중이 생길 수 있음

: 어지럼증, 시력장애, 오심, 구토, 체중 감소, 이명, 변비, 땀을 많이 흘리는 증상, 사지가 차가워지는 증상이 나타나기도 함

: 갈색세포종은 보통 수술로 종양을 완전히 제거하여 치료

 

 

 

갈색세포종 땀분비

---

: 갈색세포종(phechromocytoma) 환자의 경우 땀 흘림(sweating)이 대표적인 증상

: 갈색세포종의 경우 종양으로 인해 에피네프린이나 노르에피네프린의 분비가 증가함

→그러나 체내 땀샘의 M3 receptor의 경우 아세틸콜린에 반응하여 작용하여 땀을 냄

: 이것은 에피네프린과 노르에피네프린은 Cardiac output을 증가시키는데, 이는 동시에 땀 생산도 증가시키는 것에 원인이 있음

: 심장이 빠르게 뛰면 뛸수록, 몸은 더 많은 산소가 필요하고 체온이 증가함

→이 호르몬들의 작용은 물질대사를 증진시키므로 반응이 증가됨과 동시에 체온도 상승함

: 이에 신체는 항상성을 유지하기 위해 증가된 체온을 내리기 위해 땀샘을 동시에 자극하여 땀 분비를 촉진시켜 체온을 내림

 

 

#Reference

1) https://www.ekjm.org/journal/view.php?doi=10.3904/kjm.2012.82.4.403

2) https://ib.bioninja.com.au/standard-level/topic-6-human-physiology/66-hormones-homeostasis-and/feedback-loops.html

3) https://blog.naver.com/nh3065/220833954999

갈색세포종 땀분비

 End

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진통제 분류 Start

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진통제 (Analgesics; Painkiller)

: 진통제는 통증을 제거하거나 완화시키는 약물이다. 마약성 진통제와 비마약성 진통제로 구분된다.

: 마약성 진통제는 중추신경계에서 통증의 전달을 억제하여 진통 효과를 나타내며, 진통 작용이 큰 편이나 오남용의 위험이 있다.

: 비마약성 진통제는 주로 염증을 가라앉히는 작용으로 통증을 억제하며, 비스테로이드성 소염진통제, 아세트아미노펜 등이 있다.

: 진통제는 크게 마약성 진통제(narcotic analgesics)와 비마약성 진통제(non-narcotic analgesics)로 구분되며 약리작용에서 차이가 있다.

#Reference

1) https://ko.wikipedia.org/wiki/%EB%94%94%ED%81%B4%EB%A1%9C%ED%8E%98%EB%82%99

2) http://www.health.kr/main.asp

진통제 분류 End

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뇌척수 약물투여방법 Start

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1. Epidural injection (경막외주사)

■목적/용도

→척수에서 시작하여 팔이나 다리로 발산하는 통증을 치료하는 데 사용된다. 팔, 다리 통증은 종종 신경에 염증이 생기거나 압축이 될 때 발생하는데 epidural injection은 이 신경 근처에 마취제나 항염증제를 주사함으로써 염증과 통증을 줄인다. 또한 진단 목적으로 주사에 대한 즉각적인 반응을 면멸히 모니터링함으로써 특정 신경이 통증의 원인인지 판단한다.

■장치

→spinal needle(22-gauge, 3.5 inches), fenestrated or chunk-drapes, isotonic contrast(e.g. 240mg/ml iohexol), local anesthetic(e.g. 1% lignocaine/lidocaine), steroid(e.g. betamethasone, betamethasone sodium phosphate), long-acting local anesthetic(e.g. bupivacaine), alcohol or iodine containing skin preparation

2. Facet joint injection (경추후관절주입)

---

■목적/용도

→퇴행성 관절염으로 통증이 유발될 때 사용된다. 특히 목, 등의 중간 부위 통증 또는 요통을 치료할 때 이 방법을 이용하여 스테로이드를 주입한다. 마찬가지로 진단 목적으로도 사용된다.

■장치

→syringe, hypodermic needle, local anesthetic(e.g. lignocaine) for subcutaneous infiltration, long spinal needle (typically 22 G), steroid (e.g. betamethasone), long-acting local anesthetic(e.g. ropivacaine, bupivacaine) for intra-articular injection

3. Sacroiliac joint injection (천장괄절주입)

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■목적/용도

→facet joint injection과 유사하다. 허리, 엉덩이 및 다리의 통증 치료 및 진단 목적으로 쓰인다.

■장치

→syringe, hypodermic needle, local anesthetic(e.g. lidocaine) for subcutaneous infiltration, long spinal needle (typically 22 G), steroid (e.g. betamethasone), long-acting local anesthetic(e.g. ropivacaine, bupivacaine) for intra-articular injection

4. Provocation discography

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■목적/용도

→통증 진단을 위해서만 실시되는 척추 주사의 한 유형으로 통증 완화 효과는 없다. 요통의 외과적 치료가 고려되는 경우에만 종종 사용된다.

■장치

→fluoroscope, alcohol, povidone-iodine scrubs, sterile gauze and drapes, tuberculin syringe and nonionic contrast agent for intradiscal injection, syringe and lidocaine 1% for local anesthesia, long spinal needle

5. Intracerebroventricular injection

---

■목적/용도

→의학 연구에서 약물, therapeutic RNA, plasmid DNA, 바이러스 벡터, 약물 등을 실험 동물의 CNS에 도입하는 데 널리 사용된다. 뇌의 암세포를 파괴하는 데 이용될 수도 있다.

■장치

→ommaya reservoir(small, dome-shaped device with a short tube), anticancer drug, needle, RNA, DNA

6. Stereotactic injection in brain (정위주사)

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■목적/용도

→항암제를 종양에 직접 주사하기 위해 컴퓨터와 3차원 스캐닝 장치를 이용한다. Stem cell 을 뇌에 직접 주입함으로써 퇴행성 뇌질환 치료에 이용할 수 있다.

■장치

→anticancer drug, 3-dimensional scanning device, needle, stem cell, cannula

#Reference

1) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5975048/

2) https://en.wikipedia.org/wiki/Stereotactic_injection

3) https://radiopaedia.org/articles/sacroiliac-joint-injection?lang=us

4) https://orthoinfo.aaos.org/en/treatment/spinal-injections/

뇌척수 약물투여방법 End

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약물 투여 경로

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1. 경구투여법 (Oral medication; PO)

: 입으로 직접 약물을 먹인다.

: 간편하다는 장점이 있지만 주사제와 비교하여 약효가 느리고 위장관의 조건에 영향을 받는다.

: 투여량을 정확하게 하기 위해 경구 존데를 사용하여 투여한다.

: 거의 대부분의 동물에 적용 가능하다.

 

 

 

2. 피하주사법 (Subcutaneous Injection; SC)

---

: 피하에 시료를 주입하는 방법이다.

: 지방이 많은 부위는 흡수 속도가 낮아 부적절하다.

: 대개 어깨 돌기 사이의 경배부 피하 부위가 많이 이용된다.

: 피부가 얇으므로 유출에 주의하여야 하고 주입에 성공하면 콩알 크기로 부풀어 오른다.

: 혈관, 신경이 다칠 염려가 없고 대량 투여가 가능하다는 장점이 있지만 자극성 물질에 주입에는 부적절하고 흡수변이성이 늦다는 단점이 있다.

 

4. 정맥주사 (Intravenous Injection; IV)

---

: 정맥 내에 주사바늘을 찔러서 시료를 주입하는 방법으로 가장 빠르고 정확한 방법이다.

: 대량 투여 또한 가능하다.

: 하지만 숙련도를 요하기도 하고 혈관으로 바로 투여하기에 잘못 투여하였을 경우 회복시킬 수 있는 방법이 없고 다양한 반응이 나올 수 있다.

 

 

 

5. 피내주사 (Intradermal Injection; ID)

---

: 소량의 주사액을 표피 바로 아래층인 진피에 주사하는 방법이다.

: 면역 알레르기 실험에 주로 이용된다.

: 마우스나 랫트는 피부가 얇아 고도의 기술을 요구한다.

: 주사기 바늘이 피부 표면과 수평으로 유지하면서 2~3mm의 피부 내로 삽입한다.

: 삽입한 후에는 저항감 감지로 삽입 여부를 판단한다.

: 모든 비경구 투약 중 가장 흡수가 느리다.

 

 

 

6. 복강주사 (Intraperitoneal Injection; IP)

---

: 설치류에서 주로 이용되는 방법으로 흡수 면적이 넓어 흡수 속도가 빠르다.

: 자극적인 시료가 투여될 경우 복막염을 유발시킬 염려가 있다.

: 복부의 왼쪽 혹은 오른쪽으로 주입을 한다.

: Needle 내 혈액이 역류할 경우 정맥 혹은 장을 손상시킬 수 있다.

 

 

 

 

 

#Reference

1) http://www.backache.co.kr/index.php/%ED%86%B5%EC%A6%9D%EC%9D%98_%EA%B8%B0%EC%A0%84_%EB%B0%8F_%EC%95%BD%EB%AC%BC_%EC%B9%98%EB%A3%8C

2) http://blog.naver.com/msnayana/80136032302

3) https://www.msdmanuals.com/ko/%ED%99%88/%EC%95%BD%EB%AC%BC/%EC%95%BD%EB%AC%BC-%ED%88%AC%EC%97%AC-%EB%B0%8F-%EC%95%BD%EB%AC%BC-%EB%8F%99%ED%83%9C/%EC%95%BD%EB%AC%BC-%ED%88%AC%EC%97%AC

4) http://www.koshic.org/board/list.html?num=5264&start=0&sort=name%20desc&code=pds2&key=&keyword=

약물 투여 경로

 End

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#씨젠 채용홈페이지

https://seegene.recruiter.co.kr/app/jobnotice/view?systemKindCode=MRS2&jobnoticeSn=46509

(1) 연자별 강의 내용 및 온라인 강의형태 사전 확인:

•  - 강좌 별 실제 강의 내용 및 제반사항은 첨부된 강좌소개서를 참조해 주시기 바랍니다(별첨된 압축파일 참조, 강좌별 1페이지).
•  - 온라인 강의는 워크샵기간 내(2월 15일(월) - 19일(금))에 추후 제공해 드릴 전용 스트리밍사이트를 통해 자유롭게 청취하실 수 있습니다. 수강생 별로 사전 등록신청한 강의에 대해서 시간이나 횟수에 제한없이 시청가능합니다. 단, 기간 외 시청이나 영상녹화는 불가합니다.

(2) 강좌신청 및 등록비

• - 워크샵프로그램들의 내용(연사 및 연제)은 아래의 프로그램을 참조하여 주시기 바랍니다.
  - 등록시 개인별로 총 5개의 강좌를 선택할 수 있으며 강좌별 등록비는 5만원입니다.
• 
  * 사전 등록 사이트에서의 회원 가입은 한국생명정보학회 홈페이지의 회원 가입과는 별개인 사항입니다.
•    수강의 편의성에 따라 개별적으로 회원 내지는 비회원으로 사전 등록 신청을 진행하시면 됩니다.(회원, 비회원 수강료 동일)

(3) 줌기반 Q&A세션 운영 및 참석방법

• - 연사와 수강생이 온라인으로 참여하는 줌기반의 Q&A세션이 2월 18일-19일에 개최될 예정입니다. 강좌별로 1시간이 예정되어 있으며 Q&A세션의 연자별 스케쥴은 아래의 일정을 확인하여 주시기 바랍니다. Q&A세션의 줌링크는 강좌수강생에 한해 제공될 예정입니다.
• - 해당 강좌의 연사가 Q&A세션 시작시 15분의 summary talk을 하고 남은 시간 동안 자유로운 질문 및 discussion을 진행할 예정으로 많은 참석 부탁드립니다.
• - 수강생은 온라인 강의 시청 중 스트리밍창과 같이 제공되는 질문창에 질문을 남길 수 있으며 취합된 질문들은 해당 강좌의 Q&A세션에서 토론하게 됩니다. 가급적 Q&A세션 전 온라인강의를 통한 사전학습 후, Q&A세션에 참석하여 주시기를 부탁드립니다.

강의 가이드라인.zip

#한국생명정보학회 교육신청 홈페이지

http://www.ksbi.or.kr/workshop/ConfInfo.asp?idx=7

신약개발 Big-data AI 모델 개발 및 분석

신약개발 Big-data AI 모델 개발 및 분석
[수행업무]    
 - OMICS 및 의생명정보/화합물 데이터를 활용한 인공지능 모델 개발  
 - 인공지능 모델을 이용한 약물의 잠재적인 타겟 혹은 바이오마커 분석 및 예측  
 - OMICS 및 의생명정보/화합물 데이터 분석 시스템 구축 및 관리 (수집/적재/처리)  
  
    
[자격요건]    
 - 학력 : 박사 선호(단, 학사/ 석사도 지원가능하며 관련 경력 보유 필수)  
 - 전공: 생물정보학, 시스템생물학, 컴퓨터 공학/전산학/인공지능 관련 전공자  
 - 경력 : 최소 5~10년    
 - 머신러닝/딥러닝(Tensorflow, Pytorch, Keras 등) 연구 경력 보유 및 관련 논문 이해/활용 가능자  
 - 프로그래밍 언어 (Python, R 등)를 활용한 OMICS 데이터 통계 분석 기술 보유  
 - 빅데이터 분석 경험, 유전체/의생명 데이터 외 다양한 DB 활용 경험  
  
  
[근무지]    
 - 경기도 판교

우대
학력 : 박사
모집전공 : 기타
언어 : 영어

기타사항

[전형 일정]   
- 서류 접수 : 1월 13 ~ 1월 24일   
- 인적성 전형 : 1월 26 ~ 27일   
- 면접 : 2월 4일 ~ 2월 9일   
* 내부 사정에 따라 일정은 조정될 수 있습니다   
   
[기타 사항]   
* 단계별 결과는 개별 안내 예정   
* 학력(학사/ 석사/ 박사) 정보 전체 기입 필수  


문의처
recruit.skbp@sk.com 

#채용 홈페이지

https://www.skcareers.com/pos/jobView.aspx?_SKEP=WYb3DHDhhxLhD1ebrJo%2b5d3%2fxMOuG9O6SvRoUB9GIeRGplsOZZhdAtiZP38O1JSj%2bfQ4RB3fd9qBlarDkAg7ngwy9i5%2bZibIuRyTUVHbVrcm10Hf2fxTERk%2fEKTWKn31