[R] Neuroimaging Analysis

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Neuroconductor

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: Neuroconductor는 재현 가능한 이미징 소프트웨어의 오픈 소스 플랫폼
: 이미지 분석 전용 R 소프트웨어의 중앙 저장소를 제공
: 프로그래밍 언어 R을 기반

: 시각화, 데이터 처리 및 저장, 통계적 추론을 포함한 이미징 영역 관련 수많은 패키지들을 보유

: Neuroconductor는 공식적인 테스트를 거쳐 새로운 R 패키지 submit을 허용함

 

 

 

1. Packages download

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oro.nifti - reading/writing NIfTI images

 *NIfTI(Neuroimaging Informatics Technology Initiative): 자기 공명 영상 기법을 사용하여 얻은 뇌 영상 데이터 형식
neurobase - extends oro.nifti and provides helpful imaging functions

install.packages("oro.nifti")
install.packages("neurobase")
library(oro.nifti)
library(neurobase)

 

 

 

2. Display neuroimaging

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연습용 데이터 다운로드

ortho2 - displays nifti objects in 3 different planes (sagittal, coronal, transverse)

 

t1 = neurobase::readnii("./Raw_data/training01_01_t1.nii.gz")
neurobase::ortho2(t1)

이미지를 밝게 설정

ortho2(robust_window(t1, probs = c(0, 0.975)))

 

 

 

3. Display multiple neuroimaging

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double_ortho - 동일한 크기의 이미지 2 개를 나란히 표시

double_ortho(t1, y = t1 > 300, col.y = "white")

 

 

 

4. Display specific neuroimaging

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slice - 개별 슬라이스를 플롯팅 (아래는 sagittal까지 지정)

oro.nifti::slice(t1, z = 125, plane = "sagittal")

 

 

 

5. Function 정리

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ortho2 - show orthographic images (and with overlays)
image - shows multiple slices of an image
slice - shows only specified slices
slice_overlay - similar to image but with an overlay
double_ortho - similar to ortho2 but side-by-side
robust_window - good for setting high values to not so high

 

 

 

 

 

#Reference

1) http://www.kjg.or.kr/journal/view.html?uid=3528&vmd=Fullneuroconductor.org/

2) johnmuschelli.com/imaging_in_r/

 

 

 

 

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