CODA (임상유전체생명정보시스템, 질병관리본부)

CODA (임상유전체생명정보시스템, 질병관리본부) Start.

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오늘은 보건복지부 지원의 Clinical & Omics Data Archive; 'CODA 사업'에 대해 다뤄보겠다.

1) CODA (Clinical & Omics Data Archive, 질병관리본부)

- 보건복지부 지원과제에서 생산된 한국인 임상/유전체정보의 통합축적 및 공유를 위한 임상유전체 생명정보시스템 (CODA).

            → 관련법령: 생명연구자원 확보･관리 및 활용에 관한 법률 제10조 / 관련사업: 포스트게놈 다부처 유전체사업(14~21년)

  

- CODA는 환자 또는 정상인의 인체자원(조직, 세포, 혈액, 체액 등)에서 얻은 생명정보(인간의 DNA/RNA 염기서열 및 DNA칩 분석정보, 인체미생물 유전정보; metagenome 등)를 맞춤･정밀 의료시대(환자 맞춤형 치료제 처방 및 의료서비스 등) 실현을 위한 연구에 제공.

 

- 국가생명연구자원정보센터(Korean Bioinformation Center; KOBIC, Genome InfraNet)와 유전체정보를 연계 중.

2) CODA 데이터

- 국내 1차 primary repository 역할 (해외 사례 : Genebank/EBI/DDBJ) 

            → 수집데이터 : 복지부 지원과제 데이터/일반 연구자의 자발적 기탁데이터 (fastq/bam/vcf/cel/idat/임상데이터)

  - 18년 08월 기준, 보유 샘플 개수: NGS(6032), Array(37529), 임상데이터(0) (0? o_o;;)

            → 참고로 모든 데이터 공개되어있는 것은 아니며, 데이터 공개는 데이터를 기탁한 연구책임자의 임의로 결정됨.

  - 현재 주된 데이터는 암이며, 데이터 사용은 신청시 정해놓은 기간에만 사용해야하나, 추가 요청으로 기간을 연장할 수 있음.

3) 데이터 신청 방법

- 사용하길 원하는 CODA 데이터는 CODA의 기관위원회 심사와 승인이 필요 : '데이터이용동의서/연구계획IRB심의결과서' 제출.

            → 데이터이용동의서 : 몇 가지 조항에 대한 동의서

                       ￭ 연구데이터는 허가 받은 연구목적 및 활용기간에 국한하여 사용.

                       ￭ 데이터 접근 및 이용권한은 CODA가 승인한 참여연구자에 한함.

- 특정 데이터의 오픈되지 않은 임상정보가 필요하다면 해당 기탁자와 별도의 협의가 필요함.

            → 그러나, CODA에 공개된 데이터 사용에 있어서는 기탁자와의 협의가 필요없음 → 자원의 주체 CODA

- CODA 네트워크 환경 : 1Gbps 회선에서 50% 정도의 속도로 전송시, 약 4TB/day 전송 가능.

- 데이터 수령 방법 : 데이터신청 후 심사 승인이 완료되면 데이터 발송 (온라인 or 외장하드). 신청 1건당 30TB로 제한.

a)온라인 전송

- FTP: 신청자 서버의 ID, PW, Port(필요시)를 담당자에게 전달

- CODA 서버에서 다운로드 받는 경우, 임의 ID/PW 를 CODA에서 제공

b)외장하드

- 신청한 데이터 파일 용량에 맞는 외장하드(USB3.0 권장)를 제출.

- 택배비는 신청자 부담.

마무리하며..

이번달(18년8월)은 CODA 시스템 고도화를 위해, 데이터 신청이 휴업 중이다.

사실 직접 데이터를 신청하여 사용해본 적은 없지만, 국내 임상유전체 데이터를 모은다는 취지는 훌륭해보인다.

다만, 국내법과 연구자들의 거부감 등등의 이유겠지만, CODA에서 사용할만한 임상정보가 없는 것은 아쉽다.

아래 홈페이지를 들어가면 기탁된 데이터 정보들을 상세하게 볼 수 있으므로,

본인이 연구하고 있는 주제가 있는지 혹은 관련 샘플 데이터를 얻을 수 있는지 확인해보면 유리하겠다.

#CODA 홈페이지

http://coda.nih.go.kr/coda/frt/index.do

CODA (임상유전체생명정보시스템, 질병관리본부) End.

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