[NGS] Epigenetic sequencing

[NGS] Epigenetic sequencing Start.

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1. Epigenetic Symphony

-모든 세포들이 대부분 동일한 유전체를 갖고 있지만, 각기 다른 후성유전체 조절에 의해  다양성을 보인다는 개념

-많은 유전자들은 유전자들을 증폭시키거나 억제시킬 수 있는 후성유전적 인자들에 의해 조절

          →Histone modification, DNA methylation, Acetylation, Promoter, Enhancer, Insulator

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1111/adj.12155

2. 후성유전학 시퀀싱 종류

-MNase-seq: 뉴클레오좀 위치뿐만 아니라 RNA 중합효소 II의 유전체 상 위치까지 매핑

-DNase-seq: DNA 분해효소 I에 의해 크로마틴의 개방부위 확인 가능

-ATAC-seq: transposon들을 이용하여 크로마틴의 개방부위를 찾아줌

-BS-seq, DamID:  DNA methylation 측정

3. Single-cell Epigenomics

-기존 후성유전학 연구는 bulk 수준에서 수행되어 왔지만, 현재는 기술 발달로 인해 

 single cell 레벨에서 세포 타입에 따라 후성유전학적 특징들을 확인할 수 있음

-SSBseq, ssChIP,-seq, ssATAC-seq 등 single cell의 epigenome 분석 기술 발달

https://en.wikipedia.org/wiki/Single_cell_sequencing

[NGS] Epigenetic sequencing End.

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