Expression Atlas (유전자 발현 database)

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유전자 발현 데이터베이스는 상당히 많다.

종마다, 조직마다, 실험마다 다양하서 뭘봐야할지 모르겠다 (Human tissue는 GTEx가 잘 정리된편인듯).

자유자재로 GEO와 ArrayExpress 다루는 선생님들은 뭐 걱정이 없으시겠지만,

나같은 초보에게도 쉽게 종마다의 발현 정보를 볼 수 있는 사이트가 있었다.

​

Expression Atlas

https://www.ebi.ac.uk/gxa/home

와.. single cell expression도 있다.

EMBL-EBI 에서 제공하는 오픈 리소스로 Gene Expression Curation부터 Visualization까지 잘 갖춰져있다.

3000개가 넘는 실험 정보(array, seq)와 40개의 species를 기반으로 하고 있다.

GTEx나 FANTOM5 등의 여러 DB를 통합하면서, 또 친절하게 생물학박사님들이 메뉴얼로 curation 했다고 한다.

#유명한 TP53 와 Lung cancer 발현 정보를 검색해보자.

가운데 Organism은 선택해도 되고, 나는 모든종을 의미하는 'any'로 검색해보겠다.

검색방식은 TP53 and Allspecies and Lung cancer의 교집합 과정이다.

38개의 Expression experiment가 검색되었고 어떤 cell에 발현이 높은지를 색의 농도로 나타내었다.

(사실 Baseline expression은 나는 잘안본다;; 보기 불편해서..)

아래 Deferentially expression 결과를 보자.

처음에 결과를 보고 좀 놀랐던게.. 나는

suppressor인 TP53는 암군인 case가 control에 비해 발현이 떨어져야 한다고 생각했다.

맨위에만 내가 예상한 발현 결과였다.

나니?..

그런데 comparison에 마우스를 대보면 실험에 대한 상세한 내용이 있어서,

구체적인 실험조건을 알고 싶으면 직접 찾아들어가서 보는게 낫겠다.

(예상은 Passage 차이가 있는 걸로 봐서 배양횟수에 따른 비교실험인것 같고,

passage가 높을수록 TP53 발현이 높게 되는 것 같다. 아니면 댓글부탁드려요..)

요즘은 대부분이 RNA-seq을 한다지만, 아직도 array를 통해 expression을 보는 선생님들도 많은 것 같다.

국내사에 분석의뢰를 하면, 그냥 정해진 파이프라인대로만 결과를 줘서 연구자가 downstream 분석하기가 여려운게 사실이다.

분석의뢰한 결과 중에 관심있는 유전자의 발현이

Expression Atlas에서도 유사하게 나온다면

어느정도 믿음을 깔고 더 깊은 분석으로 들어갈 수 있지 않을까?​

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