KEGG pathway

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KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)?

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: KEGG pathway는 일본에서 만들어진 생화학 패스웨이 데이터베이스 (1995)

: 생물학 연구 분야에서 가장 많이 인용되는 DB 중 하나로 아래의 정보들에 기반을 둠

ㄱ) Systems information - 생화학 정보들 사이의 네트워크 상호작용 정보

ㄴ) Genomic information - 유전자 및 단백질 수준의 분자 단위 정보

ㄷ) Health information - 생체계에 영향을 주는 질병 및 약물 정보

ㄹ) Chemical information - 화학 물질 수준의 분자 단위 정보

: https://www.genome.jp/kegg/pathway.html

KEGG Mapper Search&Color pathway

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: KEGG Mapper에는 보유한 유전자들의 발현양에 따라, 패스웨이 특정 구간에 색을 표시하는 Search&Color pathway 웹툴이 존재

: 아래 유전자 발현 변화들이 Pathway 어느 구간에 영향을 미쳤는지 분석 수행

*green 색 - Fold change < 0 

*red 색 - Fold change > 0 

Gene symbol	NCBI gene ID	Fold change	Color
ATF3	467	-4	green
CLCN6	1185	-4	green
COA6	388753	3	coral
CYP4Z2P	163720	2	coral
EPHA2	1969	5	coral
ERRFI1	54206	2	coral
F3	2152	-2	green
GADD45A	1647	3	coral
GCLM	2730	-2	green
HSPA6	3310	2	coral
IER5	51278	3	coral
IFFO2	126917	3	coral
IFI44L	10964	3	coral
IL24	11009	3	coral
JUN	3725	-3	green
LINC00624	100289211	-4	green
MIR4427	100616390	-5	green
NBPF18P	441908	-2	green
NBPF25P	101929780	2	coral
NGF	4803	2	coral

: https://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html

# Search&Color pathway 분석 과정

1) 'NCBI gene ID'와 'Color' 열만 복사해 공란에 붙여 넣어 줌

2) Organism-specific 옵션은 hsa(homo sapiens)

3) Optional use of outside ID 옵션은 NCBI-GeneID

4) Use uncolored diagrams 옵션에 체크

5) Exec 실행

6) 매칭된 Pathway 리스트 확인

7) Pathway 결과 시각화

#좀 더 상세한 시각화 작업은 R의 pathview 패키지로 수행

https://bioinformaticsandme.tistory.com/104

#Reference

1) https://www.genome.jp/kegg/pathway.html

2) https://ko.wikipedia.org/wiki/KEGG

3) https://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html

KEGG pathway End

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