[R] Heatmap 시각화

[R] Heatmap 시각화 Start

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Heatmap?

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: 히트맵(heatmap)은 2차원의 데이터를 계층적 클러스터링으로 시각화하는 방법

: 행과 열에 존재하는 데이터 값의 칼라 스케일을 조절하면서, 눈에 띄는 데이터 패턴을 찾고자 함

: R에는 Heatmap을 그릴 수 있는 다양한 패키지들이 존재 (사용자 환경에 따라 익숙한 패키지를 사용하면 됨)

1) heatmap:  R base function, stats package

2) heatmap.2:  gplots R package

3) pheatmap:  pheatmap R package

4) d3heatmap:  d3heatmap R package

# 데이터 준비
df <- scale(mtcars)     #scale: 데이터 표준화
df
                         mpg        cyl        disp         hp       drat           wt       qsec
Mazda RX4          0.1508848 -0.1049878 -0.57061982 -0.5350928  0.5675137 -0.610399567 -0.7771651
Mazda RX4 Wag      0.1508848 -0.1049878 -0.57061982 -0.5350928  0.5675137 -0.349785269 -0.4637808
Datsun 710         0.4495434 -1.2248578 -0.99018209 -0.7830405  0.4739996 -0.917004624  0.4260068
Hornet 4 Drive     0.2172534 -0.1049878  0.22009369 -0.5350928 -0.9661175 -0.002299538  0.8904872
Hornet Sportabout -0.2307345  1.0148821  1.04308123  0.4129422 -0.8351978  0.227654255 -0.4637808
Valiant           -0.3302874 -0.1049878 -0.04616698 -0.6080186 -1.5646078  0.248094592  1.3269868

1) heatmap() function

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: stat 패키지에 내장된 R의 기본 히트맵함수

: heatmap(x, scale = "row")

* x → 숫자 matrix

* scale → 숫자 값들을 row 혹은 column 방향으로 표준화 (Default 값은 row)

# 기본 히트맵 그리기
heatmap(df, scale = "none")     # none은 scale 과정 수행 x
#높은 값은 Red 계열, 낮은 값은 Yellow 계열

2) heatmap.2() function

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: gplots 패키지로 이전 heatmap() 보다 확장성이 늘어난 히트맵함수

# heatmap.2 히트맵 그리기
install.packages("gplots")
library("gplots")
heatmap.2(df, scale = "none", col = bluered(100), 
          trace = "none", density.info = "none")

3) pheatmap() function

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: pheatmap 패키지로 시각적으로 더 선명하고 깔끔해진 히트맵함수

# pheatmap 히트맵 그리기
install.packages('pheatmap')
library("pheatmap")
pheatmap(df, cutree_rows = 4)

4) d3heatmap() function

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: d3heatmap 패키지로 Interactive하게 결과를 확인할 수 있는 히트맵함수

# d3heatmap 히트맵 그리기
install.packages('d3heatmap')
library("d3heatmap")
d3heatmap(scale(mtcars), colors = "RdYlBu",
          k_row = 4,     # row 그룹의 숫자
          k_col = 2      # column 그룹의 숫자
)

#Reference

1) https://www.datanovia.com/en/lessons/heatmap-in-r-static-and-interactive-visualization/

[R] Heatmap 시각화 End

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